在CentOS系统上保护Java源码，可以采取以下几种措施：
使用Java代码混淆工具，如ProGuard，对Java源代码或编译后的字节码进行混淆处理，使其难以被反编译。混淆后的代码逻辑复杂，不易于理解和逆向工程。
对Java字节码进行加密，运行时由自定义的ClassLoader解密。这种方式可以有效防止未经授权的访问，但需要确保加密和解密过程的效率和安全性。
将Java程序包装成系统服务，通过系统服务的方式运行Java程序。这样可以确保Java程序在系统启动时自动运行，并且在用户退出控制台后仍然保持运行状态。
配置防火墙以限制对系统的不必要访问，并启用SELinux或AppArmor等强制访问控制框架，以限制应用程序的权限，确保它们只能访问其所需的资源。
及时安装操作系统和软件的安全更新和补丁，以修复已知漏洞并提高系统的安全性。
使用官方认可的安全软件源安装软件，以保证软件的安全性。
定期备份系统和重要数据，以防止数据丢失，并使用系统监控工具实时监测系统的运行状态，及时发现并处理可能的安全漏洞。
通过上述措施，可以在CentOS系统上有效地保护Java源码，防止未经授权的访问和修改。需要注意的是，没有一种方法可以提供绝对的安全保障，因此建议采取综合性的保护策略，以提高系统的整体安全性。
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