MySQL Checkpoint机制的主要作用是确保数据库在发生故障时能够恢复到一致的状态。具体来说，Checkpoint机制通过记录数据库的日志位置，使得在数据库重启时，可以从这个已知的点开始恢复数据，从而保证数据的完整性和一致性。
