在MyBatis中设置查询超时时间非常简单，只需在配置文件中添加对应的属性即可。可以在mybatis-config.xml或mapper.xml中配置statement标签，并设置timeout属性来指定查询的超时时间。
例如，在mapper.xml中设置查询超时时间为5秒：
<select id="selectUserById" resultType="User" timeout="5">
SELECT * FROM user_table WHERE id = #{id}
</select>
在mybatis-config.xml中设置全局查询超时时间：
<settings>
<setting name="defaultStatementTimeout" value="5"/>
</settings>
注意，查询超时时间的单位为秒。根据实际情况，可以根据查询的复杂度和数据库性能来设置合理的超时时间，以避免查询时间过长导致性能问题。
