在C#中调用Java程序并处理大数据时，可以采用以下几种方法：
使用REST API： 创建一个Java Web服务（例如使用Spring Boot），该服务接收C#发送的请求并返回数据。C#可以通过HTTP客户端（如HttpClient）调用这个Web服务。这种方法适用于跨语言通信，并且可以轻松处理大量数据。
使用Java Native Interface (JNI)： 如果你需要在C#代码中直接调用Java方法，可以使用JNI。JNI允许C#代码与Java代码进行交互。但是，这种方法可能会导致性能问题，因为JNI调用需要在C#和Java之间传递数据，这可能会增加内存和CPU的使用。
使用gRPC： gRPC是一个高性能、开源的通用远程过程调用（RPC）框架，可以在不同语言之间进行通信。你可以在Java中创建一个gRPC服务，然后在C#中使用gRPC客户端调用这个服务。这种方法适用于需要高性能和实时数据传输的场景。
使用Apache Thrift： Apache Thrift是一个跨语言的RPC框架，可以在不同语言之间进行通信。你可以在Java中创建一个Thrift服务，然后在C#中使用Thrift客户端调用这个服务。这种方法同样适用于需要高性能和实时数据传输的场景。
使用文件传输： 如果数据量非常大，可以考虑将数据存储在一个文件（如CSV、JSON或XML）中，然后在C#和Java之间传输这个文件。这种方法简单易实现，但可能会导致I/O性能瓶颈。
在选择方法时，需要根据你的具体需求和场景来权衡各种方法的优缺点。例如，如果你需要高性能和实时数据传输，可以选择gRPC或Apache Thrift。如果你只需要简单地跨语言通信，可以选择REST API。
