Java PDFReader对PDF文档的兼容性通常较好，可以读取大多数标准的PDF文档。然而，由于PDF文档格式的复杂性和变化性，可能会出现某些特定格式的PDF文档无法正确显示或读取的情况。在使用Java PDFReader时，最好选择支持最新PDF标准和功能的库，以确保最佳的兼容性和性能。同时，也可以根据具体的需求考虑其他PDF处理库或工具来处理特定格式的PDF文档。
