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lncrna数据库的使用教程是什么

小樊
81
2024-12-23 14:51:56
栏目: 大数据

lncRNA数据库是存储和管理长链非编码RNA(lncRNA)信息的重要资源,它们为研究人员提供了丰富的数据集和分析工具,以探索lncRNA的功能和作用机制。以下是一些常用lncRNA数据库及其使用教程:

NONCODE数据库

  • 主要特点:NONCODE数据库是一个综合性的ncRNA相关注释数据库,尤其是lncRNA信息。它支持常用lncRNA的name、NONCODE ID搜索,并包含表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等信息。
  • 使用方法:用户可以将lncRNA的基因ID输入到Function模块进行功能分析,或在conservation模块中输入基因ID进行保守性分析。此外,用户还可以下载整个物种的lncRNA数据。

LncBook数据库

  • 主要特点:LncBook是一个综合性人类lncRNA数据库,提供了95243个lncRNA基因及323,950个转录本的高质量集合。它从多组学层面对lncRNA基因进行了全面注释,并提供了友好的检索、浏览、可视化、分析和下载服务。
  • 使用方法:用户可以获得全面的人类lncRNA参考数据集,筛选潜在的功能性lncRNA基因,获取lncRNA编码的小蛋白,查询lncRNA互作的miRNA和蛋白质,以及支撑多种检索功能。

TANRIC数据库

  • 主要特点:TANRIC数据库专注于癌症研究,整合了TCGA和CCLE等数据,提供了丰富的lncRNA表达数据和功能预测。
  • 使用方法:用户可以通过查询界面输入肿瘤类型、关注的lncRNA名字等信息进行查询。查询结果展示包括每个样品的表达量信息,以及lncRNA表达量与临床指标的相关性分析。

LncRNAWiki

  • 主要特点:LncRNAWiki是一个全面的人类长非编码RNA数据库,结构化展示了功能性LncRNA的注释信息,并支持用户在线提交/编辑/更新LncRNA相关知识。
  • 使用方法:用户可以在检索框中输入目的基因,查看基因的详细信息,包括基本信息、相关文献、参与疾病等,并跳转到LncExpDB页面查看不同生物背景下的lncRNA基因的表达谱。

通过上述教程,您可以更有效地利用这些数据库进行lncRNA相关的研究。

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