Java的indexOf函数主要有以下几个局限性：
indexOf函数会抛出NullPointerException或者返回-1。这是因为indexOf方法在内部会尝试获取字符串的第一个字符，如果字符串为空或者null，那么就会抛出异常或者返回-1。indexOf方法是区分大小写的，也就是说，"apple"和"Apple"是不同的字符串，它们的indexOf结果是不同的。如果需要进行不区分大小写的搜索，需要先将字符串转换为小写（使用toLowerCase方法）或者大写（使用toUpperCase方法）。indexOf函数返回的是子字符串在父字符串中第一次出现的位置，如果子字符串在父字符串中没有出现，那么返回-1。这可能会导致一些误解，因为有些人可能会认为indexOf函数会返回子字符串在所有匹配项中的位置。indexOf函数不支持正则表达式作为参数，它只支持普通的字符串搜索。如果需要进行复杂的字符串匹配，需要使用其他的Java字符串处理方法，比如split、replace、matches等。总的来说，Java的indexOf函数虽然简单易用，但在某些情况下可能无法满足需求，需要结合其他的字符串处理方法来实现更复杂的字符串操作。
