在APKTool中处理Android应用的签名问题，可以按照以下步骤进行：
apktool d your_app.apk -r -o output_folder
反编译完成后，对应用进行修改或定制。
在重新编译应用之前，需要重新签名应用。可以使用以下命令来重新签名应用：
apktool b output_folder -o new_app_unsigned.apk
jarsigner -keystore your_keystore.keystore -storepass your_password new_app_unsigned.apk alias_name
zipalign -v 4 new_app_unsigned.apk new_app_aligned.apk
通过以上步骤，您可以在APKTool中处理Android应用的签名问题，并成功重新签名应用。
