在C#中使用SetWindowsHookEx函数时，由于其底层是调用底层Windows API，因此兼容性较好。然而，需要注意的是，在64位系统上使用SetWindowsHookEx函数时，可能会遇到一些兼容性问题，因为64位系统和32位系统的钩子过程函数的调用约定不同。因此，在编写钩子函数时，需要根据系统的位数选择正确的调用约定。另外，在使用SetWindowsHookEx函数时，还需要注意权限问题，必须以管理员权限运行才能正常工作。综上所述，虽然SetWindowsHookEx函数在C#中的兼容性较好，但在特定情况下仍需要注意一些兼容性问题。
