在Linux系统中运行Java应用程序时，可以采取以下措施来保障安全性：
使用最小权限原则：确保Java进程和用户仅具有执行其任务所需的最小权限。避免使用root权限运行Java应用程序，而是使用一个具有适当权限的用户帐户。
更新Java和依赖库：定期更新Java运行时环境（JRE）和应用程序依赖库，以确保已修复已知的安全漏洞。
使用安全的代码实践：编写安全的Java代码，遵循最佳实践，例如验证用户输入、防止跨站脚本（XSS）攻击、避免SQL注入等。
限制网络访问：仅允许必要的端口和IP地址访问Java应用程序。使用防火墙（如iptables或ufw）来限制对应用程序的访问。
使用安全配置：为Java应用程序提供安全的配置选项，例如禁用远程方法调用（RMI）、限制线程池大小、配置SSL/TLS等。
日志记录和监控：记录Java应用程序的日志，以便在出现问题时进行调查和分析。使用监控工具（如Prometheus、Grafana或Nagios）来监控应用程序的性能和资源使用情况。
使用安全容器技术：将Java应用程序部署在安全的容器（如Docker）中，以限制其对主机系统的访问。使用容器编排工具（如Kubernetes）来管理容器。
定期进行安全审计：定期对Java应用程序进行安全审计，以检查潜在的安全漏洞和配置问题。
使用安全漏洞扫描工具：使用安全漏洞扫描工具（如OWASP ZAP或Nessus）来检测应用程序中的已知漏洞。
遵循安全编码标准和指南：遵循已建立的安全编码标准和指南（如OWASP Java安全编码指南），以确保编写安全的代码。
