edgeR中怎么实现两组间差异分析操作，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。
需要读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下
计算
安全
数据库
网络和加速
企业服务
gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3
geneA 14 0 11 4 0 12
geneB 125 401 442 175 59 200每一行为一个基因，每一列代表一个样本。读取数据的代码如下
# 读取表达量的表格
counts <- read.table(
"gene.counts.tsv",
header=T,
sep="\t",
row.names=1,
comment.char="",
check.names=F)
# 设置样本分组
groups <- factor(c(1,1,1,2,2,2))
# 构建edgeR中的对象
y <- DGEList(counts=count,group=group)根据CPM表达量对基因进行过滤，代码如下
keep <- rowSums(cpm(y)>1) >= 2
y <- y[keep, , keep.lib.sizes=FALSE]默认采用TMM归一化算法，计算每个样本的 sizefactor, 代码如下
y <- calcNormFactors(y)代码如下
design <- model.matrix(~group)
y <- estimateDisp(y,design)
et <- exactTest(y)将差异分析的结果保存到文件中，代码如下
res <- et$table
write.table(res, "edgeR.xls", header = T, col.names = NA, sep = "\t" )看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注亿速云行业资讯频道，感谢您对亿速云的支持。
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