如何解析IMex和IntAct数据库

这期内容当中小编将会给大家带来有关如何解析IMex和IntAct数据库，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

蛋白质相互作用的数据库非常的多，比如DIP, MINT, IntAct, BioGRID等，不同数据库中的信息存在了大量的冗余，而且在不同数据库之间进行检索也非常的费力。

为了减少不同数据库的冗余，最大化提升数据存储和检索的效率，由多个数据库的开发团队和维护者共同参与成立了一个委员会，名字叫做international molecular exchange consortium, 简称IMEx, 该委员会致力于将不同数据库中的信息合并，减少冗余并提供了一个统一的查询工具

该委员会的成员示意如下

该项目的地址如下

http://www.imexconsortium.org/

通过官网的检索框，可以方便的检索各个成员数据库中的内容，示意如下

以tp53为例，检索结果如下

点击IMEx的链接，可以看到如下所示的表格

采用了MITAB格式来展示蛋白质相互作用信息，通过左上角的Download按钮可以进行下载，通过IMEx的官网，我们可以方便的查询某个蛋白的相关作用网络信息的，但是下载数据并不是非常的方便，如果要下载数据，还是要借助IntAct数据库。

IntAct数据库是IMEx的成员数据库之一，目前该数据也整合了IMEx的所有数据，网址如下

https://www.ebi.ac.uk/intact/

在线检索功能肯定是有的，如下所示，支持多种查询方式

在检索结果的页面，可以自定义展示的列信息，也可以选择对应的格式进行下载，示意如下

通过Graph按钮，还可以显示查询蛋白的相互作用网络

和string数据库相比，IntAct的检索功能也有其局限性，只适用于查询单个蛋白的相互作用网络，无法查询输入的多个蛋白之间的相互作用网络。如果要查询多个蛋白之间的相互作用网络，只能自己写脚本从整个相互作用网络中提取信息，官网提供了下载功能，示意如下

提供了多种格式的下载，主要有XML和TAB两种格式， PSI-MI格式就是xml格式的文件，PSI-MI TAB就是\t分隔的文件，TAB格式的内容相对直观，而XML格式适用于程序处理。

对于蛋白质相互作用网络而言，String数据库的使用更加简单，更加的人性化，所以知名度更高，而IMEx和IntAct的使用有一定的技术门槛，但是可以作为String数据库的一种补充，能够得到更加丰富的信息。

上述就是小编为大家分享的如何解析IMex和IntAct数据库了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道。