温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

如何使用GREAT对peak进行功能注释

发布时间:2021-07-22 20:33:16 来源:亿速云 阅读:500 作者:chen 栏目:大数据

这篇文章主要讲解了“如何使用GREAT对peak进行功能注释”,文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习“如何使用GREAT对peak进行功能注释”吧!

GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具,除了给出peak对应的基因外,还集成了多种基因的功能分析,网址如下

http://great.stanford.edu/public/html/index.php

目前该在线工具只支持以下几个物种

  1. Human

  2. Mouse

  3. Zebrafish


在使用时,还需要注意对应的基因组版本。用法比较简单,选择对应的基因组版本,然后上传对应的BED格式的peak文件即可,示意如下

如何使用GREAT对peak进行功能注释

结果展示如下,给出了peak关联基因的个数和TSS距离的频数分布柱状图

如何使用GREAT对peak进行功能注释

除此之外,还给出以下多种基因的功能分析

  1. GO Molecular Function

  2. GO Biological Process

  3. GO Cellular Component

  4. Mouse Phenotype

  5. Human Phenotype

  6. Disease Ontology

  7. MsigDB Cancer neighborhood

  8. Placenta Disorders

  9. PANTHER Pathway

  10. BioCyc Pathway

  11. MsigDB Pathway

  12. MGI Expression

  13. MgisDB Perturbation


不同于传统的费舍尔精确检验,功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的,计算过程如下所示

如何使用GREAT对peak进行功能注释

以GO中MF这一类别的功能注释为例,示意如下

如何使用GREAT对peak进行功能注释

通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。

感谢各位的阅读,以上就是“如何使用GREAT对peak进行功能注释”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对如何使用GREAT对peak进行功能注释这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI