高度定制的Hi-C数据可视化应用HiGlass是怎样的呢,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用,参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式,运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示,基于web技术提升了用户的交互体验,缺点就是需要搭建过程比较繁琐。网址如下
http://higlass.io/about
和其他基因组浏览器类似,将每种需要展示的信息定义为tracks
, 提供了一下不同的展现形式
下列网址是一个demo网站,展示了HiGlass的各种视图
单个视图窗口,用于展示单个hi-c图谱,基本展现形式如下
用热图的形式展现hi-c图谱,允许通过鼠标进行缩放,或者通过搜索框指定基因组区域。
相互关联的两个窗口,两个窗口展示的基因组区域是同步的,可以方便的比较两个Hi-C图谱的异同,示意如下
像基因组浏览器一样展示数据,示意如下
当然还有更多的展现形式,综合运用各种views, 可以灵活的进行定制,创建出很多高大上的展现形式,下面网址是一些示例
通过编辑配置文件,可以对可视化的数据和形式进行精细的调整,比如下图中修改热图的配色等
HiGlass的使用门槛较高,但是其展示形式更加多样,生成的效果图也更加美观,是一款hi-c数据可视化的利器。
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