这篇文章将为大家详细讲解有关怎么使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成，文章内容质量较高，因此小编分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后对相关知识有一定的了解。
在传统的RNA_seq测序中，每个样本取样后实际包含了成千上万个细胞，和单细胞测序的single cell相比，这样的样本称之为bulk samples。在bulk samples的这么多细胞中，可能包含来自多个细胞亚群。
在肿瘤组织中，由于肿瘤微环境中各种细胞的浸润，其RNA_seq的样本中必然存在了肿瘤细胞，浸润的免疫细胞等多种细胞亚群。为了准确的评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，科学家做了很多努力，EPIC就是一款利用肿瘤样本RNA_seq表达谱数据评估样本免疫细胞构成的软件，对应的文章链接如下
https://elifesciences.org/articles/26476
该软件封装成了R包，网址如下
https://github.com/GfellerLab/EPIC
同时提供了在线服务，网址如下
https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/
只需要上传肿瘤样本的表达谱数据即可，示意如下
上传文件的内容示意如下
每行代表一个基因，每一列代表一个样本，结果分成以下两个部分
给出了每个样本中各个细胞亚群的比例，示意如下
用柱状图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下
用热图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下
用箱体图的形式，展示每种细胞亚群的分布，结果示意如下
通过EPIC可以预测和比较肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，操作简便。
关于怎么使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，可以学到更多知识。如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到。
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
