小编给大家分享一下mSignatureDB是一个什么数据库，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！
mSignatureDB是一个肿瘤突变特征的数据库，以COSMIC数据库中收录的30种突变特征作为参照，分析了来自TCGA和ICGC中约15000多个肿瘤样本中这30种突变特征的构成。
数据库的网址如下
http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb/Browse/
通过Browse菜单，可以查看肿瘤样本中30种突变特征的构成，分成了以下3个层次
project
primary site
country
sample
结果以气泡图的形式呈现， 鼠标点击可以看到每个特征的具体贡献率，示意如下
通过Search按钮，可以查看以下信息
给出了对应的突变频谱，结果示意如下
Transition/Transversion, 简称Ti/Tv, 表示置换/颠换比值， 结果示意如下
将signature的构成作为每个肿瘤样本的特征，对样本进行聚类，并探究与临床信息的关系， 以肿瘤不同阶段为例，结果示意如下
通过Analysis菜单，可以上传自己的体细胞突变数据，进行以下两种分析
deconstructSigs，检测样本中30种 COSMIC refernce突变特征的构成
WTSI Mutational Signature Framework, 利用和COSMIC相同的算法来识别mutation signatures, 本质上是通过调用mutSignatures这个R包来实现
通过该数据库不仅可以查看TCGA肿瘤样本中突变特征的构成，也可以对自己的数据进行突变特征的相关分析。
以上是“mSignatureDB是一个什么数据库”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
