下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH)
fasp
protocol. Files stored in these media may not be accessible via
ascp
and have triggered creation of some issues to report the problem.即2019开始，SRA数据库的数据存储方式做出了改变，使用ascp来下载数据可能会带来其他的一些问题。
ascp
(or curl, wget, etc)
is not recommended. The main reason is that they are likely to only retrieve a portion of the data required. 
下载安装SRA Toolkit：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
下载二进制（binaries）版本，下载下来即可使用，不需要编译安装。
解压后加入环境变量。
使用 prefect 下载数据：
方法一：
直接指定Run编号进行下载，如：SRR1482462
prefetch SRR1482462
方法二：
批量下载一个Project的所有Run/Sample :
先进入其中一个run的页面，点击“All run”
然后点击“Accession List”，会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。
使用如下命令批量下载 (放入后台不中断下载：nohup cmd &)：
nohup prefetch -O . $(<SRR_Acc_List.txt) &
Note:
1. aspera 在下载其他数据库（如EBI）的数据时，仍然是十分不错的工具
2. 下载完之后，可以用如下命令批量解压：
for f in *.sradonohup fastq-dump --split-3 $f &done
关于下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注亿速云行业资讯频道了解更多相关知识。
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