这篇文章主要为大家展示了“如何写shell脚本”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“如何写shell脚本”这篇文章吧。
用途：输入全基因组重测序的fastq文件和使用bowtie2构建的叶绿体参考基因组索引，提取全基因组重测序数据中的叶绿体基因组的数据
fq1=$1
fq2=$2
reference=$3
fq_file_name_1="${fq1%%.*}"
fq_file_name_2="${fq2%%.*}"
output_prefix="${fq1%%_*}"
bowtie2 -q -x ${reference} -1 ${fq_file_name_1}.fastq -2 ${fq_file_name_2}.fastq -p 8 -S ${output_prefix}.sam
echo '1 alignment done'
samtools view -S -b -o ${output_prefix}.bam ${output_prefix}.sam
echo '2 sam convert to bam done'
samtools sort -n -O bam -o ${output_prefix}.sorted.bam ${output_prefix}.bam
echo '3 sort by read name done'
samtools view -u -f 1 -F 12 ${output_prefix}.sorted.bam > ${output_prefix}.sorted.aligned.bam
echo '4 extract aligned reads done'
bamToFastq -i ${output_prefix}.sorted.aligned.bam -fq mapped_R1.fastq -fq2 mapped_R2.fastq
echo '5 The result files are mapped_R1.fastq and mapped_R2.fastq'
使用方法是
bash practice.sh input_1.fastq input_2.fastq reference/cp_index
使用前提是samtools、bowtie2、和bamToFastq已经安装并且添加到了环境变量
将一台服务器上的文件拷贝到本机https://zhuanlan.zhihu.com/p/22482509
以上是“如何写shell脚本”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
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