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R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
$Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT] [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX] CNV_Dumbbell_plot:https://www.亿速云.com/article/1572 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA input cnv data file path[required] -g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL Enter the file path that contains the gene symbol[required] -H HEIGHT, --height HEIGHT the height of dumbbell plot[optional,default 6] -W WIDTH, --width WIDTH the width of dumbbell plot[optional,default 8] -o OUTDIR, --outdir OUTDIR output file directory[optional,default cwd] -p PREFIX, --prefix PREFIX out file name prefix[optional,default m6a_cnv]
-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：
| Gene Symbol | Locus ID | Cytoband | TCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01 | TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01 | TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01 | TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01 |
| ACAP3 | 116983 | 1p36.33 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
| ACTRT2 | 140625 | 1p36.32 | -0.001 | 0.002 | 0.009 | 0.015 | 0.005 |
-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：
| ID | group |
| RBM15 | W |
| RBM15B | W |
| METTL14 | W |
-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8
Rscript ../scripts/cnv_dumbbell_plot.r -g ../m6a.tsv \ -c ../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt
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