这篇文章主要介绍“pRRophetic包怎么用”，在日常操作中，相信很多人在pRRophetic包怎么用问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”pRRophetic包怎么用”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！
pRRophetic包预测药物敏感性
pRRophetic包是一个比较古老的R包，主要用途就是从基因表达数据预测表型（即使用癌症基因组计划CGP细胞系数据预测临床结果），预测外部细胞系（CCLE）的药物敏感性，也可用于临床数据的预测。
这个包不能在Rstudio直接安装，需要外部下载压缩包之后导进R。包可以从http://genemed.uchicago.edu/~pgeeleher/pRRophetic/下载，下载完成后首先要在R中安装他的依赖包
BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge'))之后运行下面这条命令进行安装pRRophetic包
install.packages("pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, dependencies = TRUE)根据基因表达谱数据进行预测患者化疗效果，基因表达谱数据中行名为基因名，并且数据为matrix矩阵
predictedType<-pRRopheticPredict(exp,"Axitinib",selection = 1) #以Axitinib为例，预测患者对Axitinib的敏感性
之后会获得每个患者对Axitinib敏感性，后续可结合样本的分组进行检验，观察基于该药物敏感性的组间差异
到此，关于“pRRophetic包怎么用”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注亿速云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
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