R语言的nomogram_multi_cox.r怎么用

这篇“R语言的nomogram_multi_cox.r怎么用”文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，下面我们一起来看看这篇“R语言的nomogram_multi_cox.r怎么用”文章吧。

nomogram_multi_cox.r  多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

使用说明：

列线图用的R包rms；

$Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -h
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/nomogram_multi_cox.r
       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...]
       [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s seed]
       [-o outdir] [-p prefix]
cox regression analysis gene expression
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name must 0 or 1 code format
                        [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -P predict.time [predict.time ...], --predict.time predict.time [predict.time ...]
                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095
                        1825]
  -c cut.score, --cut.score cut.score
                        set cut score value to divide high and low risk groups
                        [default median]
  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

使用举例:

Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -i nomogram_metadata.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v riskScore      ajcc_pathologic_stage       -o multicox.nomogram\
  -p  multicox   -P 365 710 1095

以上就是关于“R语言的nomogram_multi_cox.r怎么用”这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注亿速云行业资讯频道。