agilent表达谱芯片注释信息提取的方法

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不规范的表达谱芯片注释信息提取

1、GEO数据库中  agilent表达谱芯片由与其设计往往比较个性化，涉及的芯片型号很多，使用的Cy5/Cy3的双色芯片 或者仅使用Cy3的单色芯片，数据上比较混乱，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大，虽然格式整齐，并不完全规范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。

2、若直接下载标准化数据的同时，利用GEOquery下载对应的GPL芯片平台信息往往出现报错，或者提取信息过程中出现提取错误，这里针对 格式相对整齐统一的这种agilent表达谱芯片GPL信息 提供一种获取的方法，在进行芯片原始数据标准化的过程中直接获得其中的注释信息：探针和基因等对应关系。

3、此处仅以单通道芯片数据为例： 案例数据GSE83902   基于limma包读取数据，并进行预处理，标准化之后，获取的结果时一个EList对象，这个对象中包含了探针和基因之间的对应关系，先对芯片中重复的探针检测值取均值之后，获取的还是一个EList（此处用averEList向量表示取均值后的返回结果）：

查看averEList 中对应的genes信息，这个矩阵中包括了每一列信息如下 涉及探针ProbeName 和GeneName以及描述信息，之后提取保存即可：

> colnames(averEList$genes)
 [1] "Row"            "Col"            "Start"          "Sequence"       "ProbeUID"      
 [6] "ControlType"    "ProbeName"      "GeneName"       "SystematicName" "Description"   
> Probe=averEList$genes[,c("ProbeName","GeneName","SystematicName","Description")]
> head(Probe,5)
        ProbeName        GeneName  SystematicName
1 GE_BrightCorner GE_BrightCorner GE_BrightCorner
2      DarkCorner      DarkCorner      DarkCorner
4    A_23_P117082           HEBP1       NM_015987
5   A_33_P3246448           KCNE4       NM_080671
6   A_33_P3318220          BPIFA3       NM_178466
                                                                                               Description
1                                                                                                         
2                                                                                                         
4                                        ref|Homo sapiens heme binding protein 1 (HEBP1), mRNA [NM_015987]
5 ref|Homo sapiens potassium voltage-gated channel, Isk-related family, member 4 (KCNE4), mRNA [NM_080671]
6 ref|Homo sapiens BPI fold containing family A, member 3 (BPIFA3), transcript variant 1, mRNA [NM_178466]

注意： 不同芯片获取的EList结果中可以EList$genes 获取的矩阵涉及的列名不一致，具体情况具体对待

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