perl如何从MEGA进化树分析结果的nwk文件中提取基因ID

发布时间：2022-02-23 11:58:48 阅读：580 作者：小新栏目：开发技术

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小编给大家分享一下perl如何从MEGA进化树分析结果的nwk文件中提取基因ID，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

从nwk文件中提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。

用法：

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。

脚本代码；

use Getopt::Long;
use strict;

my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;

my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);

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