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R语言代码:
library(reshape2) local({r <- getOption("repos") ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) library(ggplot2) library(cowplot) library(RColorBrewer) library(Vennerable) brewer.pal(7,"Set1") display.brewer.all() setwd("D:/BaiduNetdiskDownload/report/6.DEG_Analysis/") getwd() ######################################################################### #批量读入相同后缀的文本文件,并且只截取第一列和最后一列 files=list.files("./",pattern = "*DEG\\.final.txt",recursive = T) data=lapply(files,function(fl){d=read.table(fl,header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE)[,c(1,18)]}) #将数据整理成表格mydata mydata=sapply(data,function(d){table(d[,2])}) colnames(mydata)<-c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16") mydata=as.data.frame(melt(mydata)) p<-ggplot(mydata,aes(x = factor(Var2,levels = c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16"),ordered=T), y = value, fill=factor(Var1,levels=c("up","down"),ordered = T)))+ geom_bar(stat = "identity" ,width=0.5,position=position_dodge(width = 0.6))+ geom_text(aes(label=value),position=position_dodge(width = 0.6),size = 4,vjust = -0.25)+ scale_fill_manual(values=c( "#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A"))+ theme(legend.key = element_blank(),legend.title = element_blank(), axis.text.x = element_text(angle=60, vjust=0.5,hjust=0.5) )+ xlab("")+ylab("Number of DEGs") #输出图片 pdf(file="DEGNum.pdf", height=7, width=7) print(p) dev.off()
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