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怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

发布时间:2022-08-16 17:31:44 来源:亿速云 阅读:177 作者:iii 栏目:开发技术

今天小编给大家分享一下怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。

    1. 在linux上安装psiblast

    最好新建一个python环境,因为我发现conda安装blast默认的是python==3.6.11,可能会不小心把你的python版本改掉…然后你写好的代码全die了……

    conda create -n blast python==3.6.11
    source activate blast
    conda install -c bioconda blast

    2.下载并编译用于比对的大型蛋白质数据库

    nr和uniprot是比较通用的数据库:

    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
    https://www.uniprot.org/downloads

    1)nr是ncbi收集的目前所有微生物的蛋白序列,是用来计算氨基酸一般情况下的频率的,160G

    2)uniprot90根据相似性做了一个去冗余,所以比nr要小很多,56G

    # 以uniprot90为例
    wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz # 下载
    gzip -d uniref90.fasta.gz # 解压
    makeblastdb -in uniref90.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot # 编译

    解析完成后的样子:

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    文件是这个样子:(只截取了一部分)

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    3. 获取PSSM矩阵

    我的初始文件是:

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    P00269.fasta是对单条蛋白质处理,里面的格式是:

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    testset.fasta是对蛋白质集合批处理,里面的格式是(也可以单独蛋白质存为.fasta文件,由于blast只能处理单条蛋白糊,把这个集合知识归总的意思,第一步还是要生成单条蛋白质的.fasta文件,所以这个文件看个人意愿):

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    1)单条蛋白质序列的处理方法

    import os
    os.system('psiblast -query dataset/P00269.fasta -db /PSSM/uniref90.fasta -num_iterations 3 -out_ascii_pssm /dataset/P00269.pssm')##这个蛋白质好慢呀

    2)批处理获取的方法

    import os
     
    file_name='/dataset/testset.fasta'
    Protein_id=[]
    with open(file_name,'r') as fp:
        i=0
        for line in fp:
     
            if i%2==0:
                # Protein_id.append(line[1:-1])
                id=line[0:-1]
                p=line[1:-1]
                with open ('/dataset/'+str(p)+'.fasta','a') as protein:
                    protein.write(id)
                    # protein.write()
            if i%2==1:
                seq=line[0:-1]
                with open ('/dataset/'+str(p)+'.fasta','a') as protein:
                    protein.write('\n')
                    protein.write(seq)
            i=i+1
     
            os.system('psiblast -query '+'/dataset/'+str(p)+'.fasta -db /PSSM/uniref90.fasta -num_iterations 3 -out_ascii_pssm /dataset/'+str(p)+'.pssm')

    ##PSSM真是太慢了,下面是只生成一个后的截图

    怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵

    以上就是“怎么使用python服务器批处理得到PSSM矩阵”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获,小编每天都会为大家更新不同的知识,如果还想学习更多的知识,请关注亿速云行业资讯频道。

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