在Rails中优化长时间运行的SQL查询可以采取以下几种方法：
使用索引：在数据库表中创建适当的索引可以加快查询速度。可以通过在model的字段上添加索引或者在migration文件中手动添加索引来实现。
使用includes预加载关联数据：通过使用includes方法，可以一次性加载关联数据，减少查询次数，提高性能。
避免n+1查询：避免在循环中频繁查询关联数据，可以通过includes方法或者joins方法一次性加载关联数据，避免n+1查询。
使用缓存：可以使用Rails提供的缓存机制，将查询结果缓存起来，避免重复查询。
使用counter cache：通过在关联表中添加一个字段来记录关联记录数量，可以减少查询次数。
使用批量处理：对于需要处理大量数据的操作，可以使用批量处理来优化性能。
对查询进行优化：可以通过查看数据库查询执行计划，分析查询性能瓶颈，对查询进行优化。
通过以上方法，可以有效优化长时间运行的SQL查询，提高应用性能。
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