教育机构可以采取以下措施来保护自己不受PHP Webshell威胁：
对服务器进行定期的安全审计和漏洞扫描，及时修复发现的漏洞和弱点。
禁止使用弱密码，建议使用复杂度高的密码，并定期更换密码。
限制对服务器的访问权限，只允许授权的人员访问服务器，并严格控制权限。
及时更新服务器的操作系统、Web服务器和相关软件，确保安全补丁已经安装。
使用安全的PHP编程框架和库，避免使用不安全的函数和方法。
对上传的文件进行严格的检查和过滤，禁止上传可执行的文件和危险的文件类型。
实施访问控制和日志监控，监控系统的访问和活动，及时发现异常情况。
定期备份数据，并将备份数据存储在安全的地方，以防数据丢失或被破坏。
培训员工和教育用户，加强安全意识和防范意识，避免不慎打开恶意链接或下载恶意文件。
在发现异常情况时，立即采取措施，隔离受感染的服务器和系统，及时清除恶意代码，恢复系统正常运行。
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