清理PHP Webshell可以通过以下几个步骤进行：
找出感染的文件：首先，需要定位到感染的PHP文件，通常会在网站目录中的多个文件中发现Webshell代码。可以通过检查网站目录中的PHP文件，查找包含可疑代码的文件。
备份文件：在清理之前，务必备份受感染的文件，以防止意外情况发生。
删除Webshell代码：找到包含Webshell代码的文件，删除其中的恶意代码。通常Webshell代码会被包裹在eval()函数或其他类似的执行代码中，需要将这些恶意代码删除。
更新系统和软件：确保服务器和网站中使用的所有软件都是最新版本，以防止类似的安全漏洞被利用。
修改密码：修改FTP、数据库、管理面板等所有账户的密码，确保账户安全。
检查文件权限：确保网站目录和文件的权限设置正确，不要给与过高的权限，以防被攻击者利用。
安装防火墙和安全插件：安装网站防火墙和安全插件，加强网站的安全防护。
监控网站：定期监控网站的日志和文件，及时发现异常情况并进行处理。
以上是手动清理PHP Webshell的一般步骤，如果感染严重或无法清理，建议寻求专业人员帮助清理。
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