PHPDocumentor是一个用于生成PHP源代码文档的工具，可以通过分析代码中的注释来生成详细的文档。为了更好地整合PHPDocumentor与自动化文档合并工具，可以考虑以下几个步骤：
定义文档规范：首先需要定义好文档的格式和规范，包括注释的标记、结构和内容。这样可以确保生成的文档具有统一的风格和格式。
配置PHPDocumentor：在PHP代码中添加适当的注释和标记，以便PHPDocumentor能够正确地解析和生成文档。可以参考PHPDocumentor的官方文档和示例来编写注释。
生成文档：运行PHPDocumentor来生成PHP源代码的文档。可以指定输出目录和格式，例如HTML、Markdown等。
自动化文档合并工具：使用自动化文档合并工具来处理生成的文档，将不同部分的文档合并成一个完整的文档。可以根据需要对文档进行排版、格式化和组织。
集成到开发流程：将整合后的文档集成到开发流程中，例如版本控制系统、持续集成工具等。确保团队成员能够方便地查阅和更新文档。
通过上述步骤，可以更好地整合PHPDocumentor与自动化文档合并工具，提高文档的可读性和维护性，帮助开发团队更好地理解和使用代码。
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