处理Linux系统中PHP命令的安全隐患，可以采取以下措施：
最小权限原则：
www-data或apache用户运行PHP进程，而不是root用户。禁用危险函数：
disable_functions配置选项在php.ini文件中禁用不安全的PHP函数。例如，禁用exec(), system(), passthru(), shell_exec(), popen(), proc_open()等函数，以防止执行外部命令。使用安全模式：
safe_mode），以限制文件系统和目录的访问权限。但请注意，安全模式已被废弃，不推荐在生产环境中使用。参数化查询：
文件权限管理：
chmod和chown命令设置正确的权限和所有权。使用防火墙：
定期更新和打补丁：
日志监控：
使用安全扫描工具：
代码审查和安全测试：
通过采取这些措施，可以有效地减少Linux系统中PHP命令的安全隐患，提高系统的整体安全性。
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