在Linux系统中，PHP命令主要用于Web开发和服务器端脚本执行，而不是直接用于系统管理命令。系统管理通常通过Linux的shell命令来完成，如使用apt-get、yum、systemctl等命令。然而，PHP脚本可以在Web服务器上运行，通过HTTP请求与用户交互，执行一些后台任务或管理操作。以下是一些关于如何在Linux系统中使用PHP的科学管理方法：
exec()或shell_exec()函数执行系统命令，或者使用file_get_contents()和file_put_contents()函数修改配置文件。通过上述方法，可以在Linux系统中科学地使用PHP，但需注意安全风险，并确保在安全的环境中使用。
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