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抛开内核版本来说，Linux各发行版用的内核都是一样的，不同的只是安装的软件包。
CentOS是RedHat的社区版本，可以兼容RedHat的RPM安装包，一般用作服务器，预安装的也都是服务器的内容。除了没有RedHat服务外（反正要钱的咱也不会买），用起来与RedHat相差不大。包管理一般用rpm或者yum来管理。
Ubuntu是基于Debian发行版和GNOME桌面环境，也有KDE版本，属于较流行的发行版，它强化了图形方面的功能，有面向一般用户的桌面版本，也有服务器版本。因为其桌面版本比较漂亮，有较多多媒体方面的软件和ubuntu软件中心的支持，对一般用户也还算好用，所以较流行。其服务器版本也就没什么好说了，都差不太多。包管理一般用apt-get。
要说哪个好，这个大部分是主观的感觉了。如果做服务器，当然选CentOS，或者Ubuntu Server版，如果用做桌面系统，那就用ubuntu desktop了。
我用ubuntu desktop好些年了，不过感觉linux在多媒体上、软件支持上还是远远不及windows，基本上不能用来娱乐，没办法还是得安装双系统。
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