如何用R语言ggplot2画小提琴图

发布时间：2021-11-22 15:56:47 阅读：1007 作者：柒染栏目：大数据

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如何用R语言ggplot2画小提琴图，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间

补充材料Fig9 小提琴图

数据格式如下

需要示例数据可以直接在文末留言

首先是读入数据

df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T)colnames(df)head(df)

最基本的小提琴图

library(ggplot2)#help(package="ggplot2")ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin()

更改主题设置，包括

去掉灰色背景
去掉网格线
添加坐标轴的线

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin()+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line())

将x轴文字标签更改为垂直

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin()+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line(),        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))

更改坐标轴的标题，并给整幅图添加一个标题

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin()+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line(),        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),        plot.title = element_text(hjust=0.5))+  labs(x=NULL,       y=NULL,       title = "Complexity")

填充颜色

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line(),        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),        plot.title = element_text(hjust=0.5))+  labs(x=NULL,       y=NULL,       title = "Complexity")

叠加散点图

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line(),        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),        plot.title = element_text(hjust=0.5))+  labs(x=NULL,       y=NULL,       title = "Complexity")+  geom_jitter(size=0.5)

这样的话论文中的图就复现出来了。上图叠加的散点图是矩形的，最近看到一个函数geom_sina()可以让散点图也以小提琴的形状显示，我们试一下用这个函数的效果，这个函数来自ggforce这个包，使用前需要先加载

library(ggforce)ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.background = element_blank(),        axis.line = element_line(),        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),        plot.title = element_text(hjust=0.5))+  labs(x=NULL,       y=NULL,       title = "Complexity")+  geom_sina(size=0.1,alpha=0.2)

这样看起来比论文中的图好像好看一点

关于如何用R语言ggplot2画小提琴图问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注亿速云行业资讯频道了解更多相关知识。

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