温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的

发布时间:2021-11-22 15:49:47 阅读:332 作者:柒染 栏目:大数据
开发者测试专用服务器限时活动,0元免费领,库存有限,领完即止! 点击查看>>

本篇文章为大家展示了R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的,内容简明扼要并且容易理解,绝对能使你眼前一亮,通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。

数据集的部分截图,总共是81行,52列,行是物种,列是地点,数值代表物种丰度R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的

数据集下载链接 http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological/SPE_pitlatrine.csv

 读入数据
abund_table<-read.csv("pitlatrines/SPE_pitlatrine.csv",row.names=1,check.names=FALSE)
 

这里的参数

  • row.names=1指定第一列作为数据集的行名
  • check.names 参数我平时很少用,,查了一下帮助文档,作用是检查每列的名字是否符合规范     R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的

比如如下数据集R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的分别设置 check.names参数为T和F大家可以看下效果R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的

 数据转置并计算相对频率
abund_table<-t(abund_table)# Convert to relative frequenciesabund_table <- abund_table/rowSums(abund_table)
   宽格式数据转换长格式
library(reshape2)df<-melt(abund_table)head(df)colnames(df)<-c("Samples","Species","Value")
   分组求根
library(plyr)library(scales)# We are going to apply transformation to our data to make it# easier on eyes #df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=scale(Value))df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=sqrt(Value))
   ggplot2画图
library(ggplot2)p <- ggplot(df, aes(Species, Samples)) +   geom_tile(aes(fill = rescale),colour = "white") +   scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")+  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) +  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + theme(legend.position = "none",axis.ticks = element_blank(),axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1,size=5),axis.text.y = element_text(size=5))p
 
R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的    

上述内容就是R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的,你们学到知识或技能了吗?如果还想学到更多技能或者丰富自己的知识储备,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

亿速云「云服务器」,即开即用、新一代英特尔至强铂金CPU、三副本存储NVMe SSD云盘,价格低至29元/月。点击查看>>

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

原文链接:https://my.oschina.net/u/4579431/blog/4954412

AI

开发者交流群×