R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。
今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的
usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数
#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna
library(ape)
dd<-dist.dna(dna)
用到的是
ape包中的dist.dna()函数
tree<-nj(dd)
用到的是
ape包中的nj()函数
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)
bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
trees = TRUE)
tree$node.label<-bs.tree$BP
这一步不知道对不对，好像是有问题，暂时还不知道如何验证
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)+
geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)
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