ceRNA数据库的简单介绍

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在ceRNA调控网络中，miRNA起到了桥梁的作用，通过和各种RNA分子结合，从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下

http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

该数据库提供了以下几种类型的信息

1. miRNA target

2. RNA-RNA相互作用

3. ceRNA调控网络

4. RNA和蛋白的结合信息

   
   

根据研究方法的不同，对应5个不同的导航栏菜单

1. miRNA target

首先通过GEO数据库下载AGO蛋白的CLIP-seq测序结果，进行peak calling分析得到miRNA结合位点, 再利用targetscan等多款软件的预测结果，与CLIP数据分析结果取交集，得到最终的miRNA结合位置信息，从而确定miRNA和其他RNA分子之间的相互作用信息。

通过导航栏的miRNA target菜单，可以查看以下4种类型的miRNA靶标信息

1. miRNA-mRNA

2. miRNA-lncRNA

3. miRNA-circRNA

4. miRNA-pseudogene

5. miRNA-sncRNA

   
   

结果示意如下

2. Degradome-RNA

通过GEO数据库中的降解组测序数据分析miRNA的靶标信息，结果示意如下

3. RNA-RNA

从GEO数据库中下载LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的测序数据，分析得到RNA分子之间的相互作用信息，通过导航栏的RNA-RNA菜单，可以查看以下4种类型的RNA分子互作信息

1. miRNA-RNA

2. mRNA-RNA

3. lncRNA-RNA

4. pseudigene-RNA

5. sncRNA-RNA

   
   

检索结果示意如下

4. ceRNA network

通过导航栏的ceRNA-network菜单，可以查看ceRNA网络信息，分成了以下3种类型

1. mRNA-ceRNA

2. lncRNA-ceRNA

3. pseudogene-ceRNA

   
   

对于每个ceRNA关系对，利用超几何分布计算p值，公式如下

N代表ceRNA网络中的miRNA总数，K代表该基因结合的miRNA个数，n代表构成ceRNA关系的另外一个基因结合的miRNA个数，c代表两个基因共同结合的miRNA个数，v2版本的数据库可以查看具体的miRNA个数信息，示意如下

ceRNA检索的结果示意如下

5. RBP-RNA

和miRNA target类似，通过GEO数据库下载RNA结合蛋白RBP CLIP-seq测序结果，进行peak calling分析得到结合位点信息,同时采用homer软件分析结合位点的motif，并根据靶基因提供了COSMIC数据库的疾病注释信息,对应以下三个导航栏的菜单

1. RBP-target

2. RBP-motfi

3. RBP-disease

   
   

结果示意如下

除了以上5种基本信息外，还提供了以下两种分析

1. pathway

对靶基因进行kegg富集分析，通过导航栏的pathway菜单，可以查看以下4种类型的富集分析结果

1. mirTarPathway

2. rbpTarPathway

3. rnaTarPathway

4. ceRnaPathway

   
   

检索结果示意如下

2. Pan-Cancer

利用TCGA中32种癌症类型对应的转录组数据，进行了pan-cancer分析，从检索结果中的pan-cancer列可以查看详细信息，示意如下

提供了两个基因的共表达分析结果，提供了散点图和箱线图两种展示形式，如下所示

通过starbase数据库，可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。

到此，关于“ceRNA数据库的简单介绍”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注亿速云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！