温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

HACER human增强子数据库的示例分析

发布时间:2021-12-02 09:33:27 来源:亿速云 阅读:122 作者:柒染 栏目:大数据

今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。

大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA,从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。

与其他增强子数据相比较的情况示意如下

HACER human增强子数据库的示例分析

该数据库的网址如下

http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/

对于鉴定到的增强子区域,该数据库同样提供了以下3种调控关系

  1. TF-Enhancer

  2. Enhancer-target gene

  3. Enhancer-promoter


同时对于增强子对应的基因组区域,还提供了该区域内的GWAS SNP和eQTL 变异位点信息,图示如下

HACER human增强子数据库的示例分析

由于增强子的组织和细胞特异性,在该数据库中通过Browser菜单,可以浏览不同细胞系中的增强子信息,示意如下

HACER human增强子数据库的示例分析

勾选感兴趣的细胞系前的单选框进行查看,以GM12878为例,检索结果示意如下

HACER human增强子数据库的示例分析

点击增强子ID,可以查看详细信息, 以AE_hg19_GM12878_20878`为例,结果如下所示

1. Basic

HACER human增强子数据库的示例分析
HACER human增强子数据库的示例分析

2. TF binding

HACER human增强子数据库的示例分析

3. Target Gene

HACER human增强子数据库的示例分析

4. GWAS

HACER human增强子数据库的示例分析

5. eQTL

HACER human增强子数据库的示例分析

该数据库中的信息是免费下载的,通过该数据库,可以方便的探索增强子,TF, 基因的调控网络,还可以结合突变信息,将基因组和转录调控多层次,多组学的数据结合起来使用,对于探究具体的机制提供更多的参考信息。

看完上述内容,你们对HACER human增强子数据库的示例分析有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注亿速云行业资讯频道,感谢大家的支持。

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI