本篇文章给大家分享的是有关如何进行A/B compartment:染色质区室分析，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。
Hi-C技术的出现推动了三维基因组学的发展，利用Hi-C技术，科学家不仅证实了染色质疆域的存在，而且进一步发现了更多染色质的三维特征。
Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构，首次提出了A/B compartment的概念，
构建1Mb分辨率下的基因组互作图谱，然后采用Oberved/Expected的算法对交互矩阵进行归一化，对归一化之后的矩阵计算泊松相关系数，矩阵对应的热图示意如下
在归一化后的交互矩阵热图中，蓝色代表观测到的交互频率小于期望的交互频率，红色代表观测到的交互频率大于期望的交互频率。在相关系数矩阵的热图中，相关系数从-1到1，颜色从蓝色过渡到红色。
对相关系数矩阵进行PCA降维分析，在第一主成分PC1轴上，可以将染色质区域明确分成两个部分，称之为A/B compartment。对应下图Eigenvector正负两个部分
通过对正负区域对应的基因表达量，组蛋白修饰，DNase酶超敏位点情况研究发现，发现在正数区域，包含的基因较多，对应的基因表达量相对较高，H3K36me3和DNA超敏位点的信号也相对较高，这些特征都表明这些区域是更加开放的，可接近的，转录激活的区域，将这个区域定义为A compartment, 对应开放染色质区域；而负数对应区域包含的基因个数较少，含量也低，将其定义为B compartment, 对应封闭染色质区域。
以上就是如何进行A/B compartment:染色质区室分析，小编相信有部分知识点可能是我们日常工作会见到或用到的。希望你能通过这篇文章学到更多知识。更多详情敬请关注亿速云行业资讯频道。
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
