本篇内容介绍了“tRNAscanSE怎么安装使用”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！
安装方法如下所示：
mkdir tRNAscantar -zxvf trnascan-se-2.0.5.tar.gzcd tRNAscan-SE-2.0./configure --prefix=(path)/tRNAscan #括号中省略了绝对路径makemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/tRNAscan/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc
wget -c http://eddylab.org/software/infernal/infernal-1.1.2.tar.gzmkdir infernaltar -zxvf infernal-1.1.2.tar.gzcd infernal-1.1.2./configure --prefix=(path)/infernalmakemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/infernal/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc
tRNAscan-SE -B -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats genome.fasta-A 适合于古细菌；-B 适合于细菌；-G 适合于古细菌，细菌和真核生物的混合序列；-O 适合于线粒体和叶绿体。不设置以上选项，则默认适合于真核生物；-C 仅使用Cove 进行tRNA 分析。虽然从一定程度上提高了准确性，但是运行速度很慢；-o 结果文件名-f tRNA的二级结构结果文件名-m 统计结果文件名。
对细菌基因组序列进行预测，如下所示：
tRNAscan-SE -B -o twk.tRNA.out -f twk.tRNA.ss -m twk.tRNA.stats new.scaffolds.fasta
结果文件中out文件为不同Scaffolds上预测的tRNA位置及种类信息：
stats文件为预测到的tRNA统计信息，包括预测到的tRNA数、总碱基数等，如下所示：
ss文件为tRNA二级结构信息，如下所示：
其中大于号或小于号表示互补配对区域，点号表示环形域或非互补配对区域。可以根据out文件与基因组序列提取出tRNA的序列文件与gff文件，如下所示：
perl 10_tRNAscan_parser.pl twk.tRNA.out new.scaffolds.fasta TWK
结果如下所示：
“tRNAscanSE怎么安装使用”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！
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