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WGCNA的TOM矩阵热图配色问题该怎么解决

发布时间:2021-12-08 15:03:29 来源:亿速云 阅读:302 作者:柒染 栏目:大数据

WGCNA的TOM矩阵热图配色问题该怎么解决,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。

“老米”投稿:手把手10分文章WGCNA复现:小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有TOM矩阵热图,就是配色很奇怪。所以经常有人询问这个问题:

WGCNA的TOM矩阵热图配色问题该怎么解决

奇怪的配色

但是官网配色是:

WGCNA的TOM矩阵热图配色问题该怎么解决

官网配色

首先,这个差异其实并不重要,当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无,仅仅是因为教程里提到了而已,大部分情况下,就是凑图。

再说,这个配色问题,跟WGCNA没有关系,是R语言技巧罢了。或者说是搜索技巧:

  • https://www.biostars.org/p/394615/#394743

简单的配色代码即可解决:

TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors, main = "Network heatmap plot, all genes", col=gplots::colorpanel(250,'red',"orange",'lemonchiffon')) 

看完上述内容是否对您有帮助呢?如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章,请关注亿速云行业资讯频道,感谢您对亿速云的支持。

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