R语言如何实现可视化展示gff3格式基因组注释文件

发布时间：2021-11-18 10:19:39 阅读：1237 作者：小新栏目：大数据

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这篇文章主要介绍R语言如何实现可视化展示gff3格式基因组注释文件，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！

使用R语言的 ggbio 这个包可视化gff3格式的基因组注释文件

我用到的文件是NCBI下载的拟南芥注释文件，为了减小计算压力，我只用到了gff文件的前119行，两个基因。

首先是读入gff文件

用到的函数是 GenomicFeatures R包中的 **makeTxDbFromGFF()**函数

library(GenomicFeatures)txdb<-makeTxDbFromGFF(file="practice.gff",format="gff3")

可视化

用到的 ggbio 这个包中的 **autoplot()**这个函数

library(ggbio)autoplot(txdb,         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),         names.expr = "gene_id")+  theme_bw()

结果 R语言如何实现可视化展示gff3格式基因组注释文件

可以通过fill参数设置不同的颜色

autoplot(txdb,         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),         names.expr = "gene_id",fill="red")+  theme_bw()

不同的基因填充不同的颜色

autoplot(txdb,         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),         names.expr = "gene_id",aes(fill=gene_id))+  theme_bw()

现在还不知道如何给同一个基因不同的部分（utr,exon,intron）等填充不同的颜色还有就是 makeTxDbFromGFF() 函数读入的数据存储格式还没搞懂

开头提到的参考资料里有一幅图将 reads数量，覆盖度的折线图，vcf文件的结果，gff可视化的结果画到了一起，做基因组重测序分析应该会用得到。这里暂时不重复了。等用到的时候再说。 R语言如何实现可视化展示gff3格式基因组注释文件

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