这篇文章主要介绍“R语言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”,在日常操作中,相信很多人在R语言的tcga_gene_exp_download.r怎么用问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答”R语言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!
tcga_gene_exp_download.r 脚本帮助
usage: tcga_gene_exp_download.r [-h] -p project [-f files.per.chunk]
[-o outdir]
TCGA 基因表达数据下载及临床数据下载与整理,详细帮助见:https://www.亿速云.com/article/1485
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-p project, --project project
input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more
project ID:https://www.亿速云.com/article/1061
[required]
-f files.per.chunk, --files.per.chunk files.per.chunk
This will make the API method only download n
(files.per.chunk) files at a time. This may reduce the
download problems when the data size is too large
[default 10]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
下载使用的R包为:TCGAbiolinks 长链非编码基因数据:gencodev22
Rscript tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-STAD
到此,关于“R语言的tcga_gene_exp_download.r怎么用”的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注亿速云网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!
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