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GATK4官网给出的推荐阈值：For SNPs:
QD < 2.0 MQ < 40.0 FS > 60.0 SOR > 3.0 MQRankSum < -12.5 ReadPosRankSum < -8.0
For indels:
QD < 2.0 ReadPosRankSum < -20.0 InbreedingCoeff < -0.8 FS > 200.0 SOR > 10.0
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