温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针

发布时间:2022-03-19 14:08:19 来源:亿速云 阅读:202 作者:iii 栏目:开发技术

这篇文章主要讲解了“怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针”,文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习“怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针”吧!

affymetrix表达谱芯片在设计时 除了全匹配(perfect match, pm) 探针(25-mer探针)进行进行荧光信号检测外,有时会设计错配(mismatch, mm) 探针(一个位点错配),基于PM-MM探针设计可以使检测低浓度靶序列的特异性和灵敏度大大提高,也便于进行背景校正等。而由于芯片原始数据处理的方法不同,有时会利用错配探针信号,而有时并不会参考错配探针信息。譬如,常见的 RMA算法进行数据标准化并未利用到mm信号值,mas5 方法则要参考mm进行计算

因此在实际分析的过程中需要明确对应的affymetrix芯片 是不是包含两种探针信号,可选择的原始数据标准化的分析方法是不是相互配套。

分析过程中可以对读取的affymetrix芯片原始数据,所对应的AffyBatch 对象 利用pm() 函数和mm()查看是否包含对应的两种探针信号值

       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          390                                             205
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                181                                          497
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             223                                                190
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          525                                             240
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                192                                          446
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             214                                                155
       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          174                                             157
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                159                                          215
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             148                                                137
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          213                                             180
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                152                                          234
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             151                                                134

感谢各位的阅读,以上就是“怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI