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怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针

发布时间:2022-03-19 14:08:19 来源:亿速云 阅读:203 作者:iii 栏目:开发技术

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affymetrix表达谱芯片在设计时 除了全匹配(perfect match, pm) 探针(25-mer探针)进行进行荧光信号检测外,有时会设计错配(mismatch, mm) 探针(一个位点错配),基于PM-MM探针设计可以使检测低浓度靶序列的特异性和灵敏度大大提高,也便于进行背景校正等。而由于芯片原始数据处理的方法不同,有时会利用错配探针信号,而有时并不会参考错配探针信息。譬如,常见的 RMA算法进行数据标准化并未利用到mm信号值,mas5 方法则要参考mm进行计算

因此在实际分析的过程中需要明确对应的affymetrix芯片 是不是包含两种探针信号,可选择的原始数据标准化的分析方法是不是相互配套。

分析过程中可以对读取的affymetrix芯片原始数据,所对应的AffyBatch 对象 利用pm() 函数和mm()查看是否包含对应的两种探针信号值

       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          390                                             205
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                181                                          497
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             223                                                190
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
369707                                          525                                             240
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
369707                                                192                                          446
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
369707                                             214                                                155
       GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          174                                             157
       GSM1616748_Pool_1wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616749_Pool_2_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                159                                          215
       GSM1616750_Pool_2_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616751_Pool_2wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             148                                                137
       GSM1616752_Pool_3_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616753_Pool_3_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz
370871                                          213                                             180
       GSM1616754_Pool_3wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz GSM1616755_Pool_4_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz
370871                                                152                                          234
       GSM1616756_Pool_4_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz GSM1616757_Pool_4wdh_Reif-Hilscher_9-2-2012.CEL.gz
370871                                             151                                                134

感谢各位的阅读,以上就是“怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对怎么用affy包查看全匹配探针与错配探针这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

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