小编给大家分享一下vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！
vcftools去除或保留vcf文件中的样品
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 --indv 和 --remove-indv ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。
只保留1和10号两个样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1 --indv 10 > out.vcf
删除1号样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
如果样品较多，也可将样品保存到文件 id.txt 中，每行为一个样品ID，格式如下：
1 105
然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。
--keep <filename> 保留样品
--remove <filename> 删除样品
代码如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
以上是“vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
免责声明：本站发布的内容（图片、视频和文字）以原创、转载和分享为主，文章观点不代表本网站立场，如果涉及侵权请联系站长邮箱：is@yisu.com进行举报，并提供相关证据，一经查实，将立刻删除涉嫌侵权内容。
