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从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息
gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：
$ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head
1 3631 5899 AT1G01010
1 6788 9130 AT1G01020
1 11649 13714 AT1G01030
1 23121 31227 AT1G01040
1 31170 33171 AT1G01050
1 33365 37871 AT1G01060
1 38444 41017 AT1G01070
1 44970 47059 AT1G01080
1 47234 49304 AT1G01090
1 49909 51210 AT1G01100关于“AWK怎么提取所有基因位置信息”这篇文章的内容就介绍到这里，感谢各位的阅读！相信大家对“AWK怎么提取所有基因位置信息”知识都有一定的了解，大家如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道。
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