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linux下Circos安装
circos下载地址:http://circos.ca/software/download/circos/
下载后解压:
tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz
然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录
cd circos-0.67-pre4/bin
检查所需模块:
./circos -modules ok 1.26 Carp ok 0.40 Clone ok 2.63 Config::General ok 3.40 Cwd ok 2.145 Data::Dumper ok 2.55 Digest::MD5 ok 2.84 File::Basename ok 3.40 File::Spec::Functions ok 0.2301 File::Temp
不是ok的都是缺少的perl模块,需要手动安装。
安装方法为使用perl CPAN安装这些perl模块。命令:
perl -MCPAN -e shell
出现下面提示符,即可继续安装。
CPAN[1]>
以安装Clone模块为例,install命令安装,如下:
CPAN[1]>install Clone
提示安装成功即可安装下一个模块。
如 perl -MCPAN -e shell命令失败,出现如下情况:
Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .). BEGIN failed--compilation aborted.
则需先安装perl-CPAN,命令如下:
yum install perl-CPAN
注意:
其中GD模块安装前需安装GD作图库,命令为:
yum install gd*
有些模块安装可能会失败,这时候可强制安装:
CPAN[1]>force install Clone
所有模块安装完后在检查一遍:
./circos -modules
全部为ok即可。
以上是“linux下Circos怎么安装”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!
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