HISAT2如何使用

这篇“HISAT2如何使用”文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，下面我们一起来看看这篇“HISAT2如何使用”文章吧。

转录组比对软件HISAT2的使用说明

转录组分析的常用分析流程，目前都由Hophat + cufflinks 组合转向了 采用HISTA + StringTie 组合。该组合的Protocol 可参考发表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”

首先来看看比对的软件HISTA，其速度和精度都较Tophat 有很大的提升。

其使用说明如下：

  hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]

  <ht2-idx>  Index 文件的前缀 (*.X.ht2)

  <m1>       read1 文件 (支持gz,bzip2压缩格式)

  <m2>       read2 文件 (支持gz,bzip2压缩格式)

  <r>        输出 unpaired 比对序列（支持gz,bzip2压缩格式）

  <SRA accession number>  支持对NCBI SRA数据的下载，采用逗号分隔不同SRA号

  <sam>      比对结果SAM 文件的输出 (默认: 标准输出)

  <m1>, <m2>, <r>  支持输入一个用逗号隔开的文件列表，也支持多次输入  比如： '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

选项 (括号中是默认值):

 输入:

  -q                 输入文件格式是FASTQ  .fq/.fastq (default)

  --qseq             q输入文件格式是 Illumina's qseq format

  -f                 输入文件格式是多序列的FASTA .fa/.mfa

  -r                 输入是一行序列

  -c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files

  -s/--skip <int>    跳过输入文件前面的 <int> reads/pairs  (none)

  -u/--upto <int>    超过输入文件前面的 <int> reads/pairs 就停止程序(no limit)

  -5/--trim5 <int>   去除Reads 5'/左边  <int> 碱基 (0)

  -3/--trim3 <int>   去除Reads 3'/r右边 <int> 碱基 (0)

  --phred33          序列质量值编码是 Phred+33 (默认编码格式)

  --phred64          序列质量值编码是Phred+64

  --int-quals        序列质量值是用空格分开的数字

  --sra-acc          SRA 登录号

比对:

  --n-ceil <func>    允许非A/C/G/Ts 在比对中的比例 (L,0,0.15)

  --ignore-quals     如果忽略测序质量值，则默认质量值为30  (off)

  --nofw             不比对正向的reads (off)

  --norc             不比对反向互补的reads (off)

 剪切比对:

  --pen-cansplice <int>              正常剪切位点的罚分 (0)

  --pen-noncansplice <int>           非正常剪切位点的罚分 (12)

  --pen-canintronlen <func>          长内含子正常剪切位点的罚分函数 (G,-8,1) 

  --pen-noncanintronlen <func>       长内含子非正常剪切位点的罚分函数 (G,-8,1) 

  --min-intronlen <int>              内含子最小长度 (20)

  --max-intronlen <int>              内含子最大长度 (500000)

  --known-splicesite-infile <path>   指定已知的剪切位点文件

  --novel-splicesite-outfile <path>  发现（报告）新的剪切位点

  --novel-splicesite-infile <path>   指定一些新的可变剪切位点 

  --no-temp-splicesite               disable the use of splice sites found

  --no-spliced-alignment             停用剪切比对

  --rna-strandness <string>          只能RNA的连特异性 (unstranded)

  --tmo                              只报告与已知的转录本比对上的reads

  --dta                              报告专门为转录本组装的比对reads

  --dta-cufflinks                    报告专门为cufflinks组装的比对reads

 打分:

  --ma <int>         匹配得分 (0 for --end-to-end, 2 for --local)

  --mp <int>,<int>   位点错误匹配的最大和最小罚分，低质量，低罚分 <2,6>

  --sp <int>,<int>   max and min penalties for soft-clipping; lower qual = lower penalty <1,2>

  --np <int>         非A/C/G/Ts 匹配的罚分 (1)

  --rdg <int>,<int>  read 空格开放和延伸的罚分(5,3)

  --rfg <int>,<int>  参考序列空格开放和延伸的罚分 (5,3)

  --score-min <func> 最小可接受的比对打分 (L,0.0,-0.2)

 比对报告输出:

  (default)          多对比结果，只报告最好的比对

   OR

  -k <int>           多比对结果，最多可报告的比对数量

   OR

  -a/--all           报告全部对比对结果

 双端比对:

  --fr/--rf/--ff     reads 比对的方向 fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

  --no-mixed         不做非配对的reads 比对

  --no-discordant    比做距离不一致的reads 比对

 输出:

  -t/--time          输出在搜索过程中的使用的时间情况

  --un <path>           未比对上的reads 输出路径 <path>

  --al <path>           一端比对上的reads 输出路径 <path>

  --un-conc <path>      比对位置不一致的reads 输出路径 <path>

  --al-conc <path>      至少有一个位置比对一致的reads 输出路径 <path>

  --un-gz <path>, to gzip compress output, or add '-bz2' to bzip2 compress output.)

  --quiet            除非有严重错误，否则不打印错误输出

  --met-file <path>  保存metrics 到文件 <path> (off)

  --met-stderr       打印metrics 大标准错误输出 (off)

  --met <int>        多少秒报告一次内部 counters 和 metrics  (1)

  --no-head          在SAM文件中不输出head信息

  --no-sq            在SAM文件中不输出head的@SQ 信息

  --rg-id <text>     设置reads ID信息

  --rg <text>        增加reads 分组信息             

  --omit-sec-seq     put '*' in SEQ and QUAL fields for secondary alignments.

 性能:

  -o/--offrate <int> 覆盖index的offrate

  -p/--threads <int> 比对的线程数 (1)

  --reorder          强制保持输出SAM文件中reads的顺序同输入的reads一致

  --mm               通过内存共享index, 使得多个bowtie能共享

 其他:

  --qc-filter        过滤质量值低的reads

  --seed <int>       生成随机数的seed(种子) (0)

  --non-deterministic 随机数生成采用种子（seed) 代替reads的属性 

  --remove-chrname   在比对结果中删除参考序列名称上的'chr' 

  --add-chrname      在比对结果中给参考序列名称加上 'chr' 

  --version          输出软件的版本信息

  -h/--help          输出软件的使用文档

以上就是关于“HISAT2如何使用”这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注亿速云行业资讯频道。