手动清除网站中的PHP Webshell可以通过以下步骤来操作：
找到并删除所有不明文件：首先，登录到网站的文件管理器或通过FTP客户端连接到网站的服务器。然后浏览网站目录下的所有文件和文件夹，查找所有不明文件，特别是以.php、.php5、.php7等PHP文件后缀名的文件。如果发现任何可疑文件，立即删除。
检查并删除可疑代码：查看网站的所有PHP文件，并搜索可能包含恶意代码的部分。删除任何不明代码或包含可疑函数的代码块。
检查数据库：有些Webshell可能会将恶意代码写入网站的数据库中。登录到网站的数据库管理工具（如phpMyAdmin），检查数据库中的所有表，查找包含可疑代码的数据，并删除。
更新所有密码：如果怀疑网站被入侵，立即更改所有管理员、FTP和数据库的密码，确保使用强密码。
更新所有软件和插件：确保网站的所有软件、插件和主题都是最新版本，以减少被利用的风险。
设置文件和文件夹权限：确保网站的文件和文件夹设置了正确的权限，避免未授权用户访问和修改文件。
安装安全插件：安装安全插件来帮助监控和保护网站免受Webshell和其他恶意软件的侵害。
如果您不确定如何操作，建议寻求专业人士的帮助，以确保正确地清除网站中的PHP Webshell。
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