清理PHP Webshell痕迹是非常重要的，可以通过使用自动化脚本来帮助完成这个任务。以下是一个示例脚本，可以帮助您清理PHP Webshell痕迹：
#!/bin/bash
# 搜索并删除所有PHP Webshell文件
find /var/www/html -type f -name "*.php" -exec grep -l "eval(base64_decode" {} \; | xargs rm -f
# 清理PHP Webshell留下的日志文件
rm -f /var/log/apache2/access.log
rm -f /var/log/apache2/error.log
rm -f /var/log/nginx/access.log
rm -f /var/log/nginx/error.log
# 重启Apache/Nginx服务器
service apache2 restart
service nginx restart
echo "PHP Webshell痕迹清理完成！"
请注意，这只是一个简单的示例脚本，实际上可能需要根据您的具体情况进行调整。在运行脚本之前，请确保您了解脚本的每个步骤，并且备份重要文件以避免意外损失。
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